Hat die Katze Viren aufgenommen, beträgt die Inkubationszeit etwa vier Monate, das Tier scheidet aber bereits wenige Tage nach der Infektion den Erreger selbst aus. Gefährlich wird es, wenn das ursprünglich aufgenommene Virus im Darm der Katze mutiert und aus dem felinen Coronavirus das FIP-Virus wird. Dieses heftet sich an die Fresszellen des körpereigenen Abwehrsystems des Wirtstieres, nutzt diese zur Reproduktion und schädigt sie derart, dass sie zerfallen. Zusätzlich werden Botenstoffe frei, die die Zellwände angreifen und damit die eigentliche Bauchfellentzündung auslösen. Es wird dabei zwischen einer „feuchten“ und einer „trockenen“ Ausprägung unterschieden. Entsprechend zeigen sich verschiedene Symptome.
Beiden Formen gehen leichter Schnupfen, Absonderung von Nasen- und Tränensekret, Fressunlust, Abmagerung und nicht abklingendes Fieber voraus. Besonders das chronische Fieber kann bei einer jungen Katze ein erstes Alarmzeichen für einen Krankheitsausbruch sein.
In der „feuchten“ Form von FIP kommt es in der Folge zu Flüssigkeitsansammlungen in Bauch- oder seltener in der Brusthöhle, die sich durch deutliches Anschwellen des Katzenkörpers nach außen hin zeigen. Aufgrund der Kompression der Organe durch die Flüssigkeit kann es unter anderem zu Atemnot kommen. Eine Punktion der Flüssigkeit liefert dem Tierarzt eindeutige Hinweise auf die Erkrankung mit FIP.
In der „trockenen“ Form spielt die Feuchtigkeitsansammlung eine geringere Rolle, stattdessen bilden sich Gewebeknoten an den Entzündungsherden, die vornehmlich in Bauch- und Brustfell und inneren Organen, aber auch Gehirn oder Augen auftreten können. Gelbsucht, diverse Augenerkrankungen, Blutarmut oder neurologische Ausfälle wie Krämpfe, Verwirrung und Lähmungen können hinzukommen.
Zur sicheren Diagnose der Krankheit stehen dem Tierarzt unterschiedliche Testmethoden zur Verfügung, mit denen Antikörper oder Antigene in Blut- oder anderen Körperflüssigkeiten lokalisiert werden können.