Die Höhe des Wasserstandes richtet sich ebenfalls nach der Tierart: Entgegen der allgemeinen Vermutung können auch Tiere, die natürlicherweise eng am Wasser leben, ertrinken. Sehr wichtig ist es also, allzeit einen komfortablen Ausstieg aus dem Wasserbecken zur Verfügung zu stellen, beispielsweise ein Wurzelstück, das einen Weg an Land bildet. Die Wasserqualität spielt – genau wie im klassischen Aquarium – eine große Rolle. Auch im Paludarium gehören ein Filter und eine Beheizung somit zur Grundausstattung. Die Wasserwerte richten sich ganz nach der Herkunft der tierischen Bewohner. Es kann auch sein, dass das Wasser mittel Torf behandelt und dadurch etwas dunkler eingefärbt wird.